Dizajn založený na štruktúre
Okrem štandardného protokolu Počítačom Asistovaného Navrhovania Liečiv (Computer-Aided Drug Design - CADD) zameraného na malé molekuly, majú aj cielené zmeny proteínov na základe informácií o ich štruktúre nedozierny aplikačný potenciál.
Pri malých molekulách sa buď pomocou virtuálneho skríningu vyhľadjú v databázach molekúl potenciálne najaktívnejšie zlúčeniny alebo sa navrhnú chemické modifikácie už známych aktívnych prípadne vopred vytypovaných molekúl. Aby sa zvýšila šanca na nájdenie najvhodnejších zlúčenín, na základe poznatkoch vzťahu medzi štruktúrou a funkciou v danom systéme sa molekuly modifikujú manuálne alebo s pomocou knižníc chemických fragmentov a kombinatorických techník. Pri posledne som úspešne použil aj genetické algoritmy využívajúc fakt, že textové reťazce formátu SMILES používané na zápis chemických zlúčenín je možné interpretovať ako gény.
Štrukturálne informácie sú tiež základným východiskovým bodom pre cielené zmeny proteínov. Spočívajú nielen v chemických modifikáciách, ako v prípade malých molekúl, ale aj v mutácii vybraných aminokyselín[]. Veľmi sľubná je kombinácia oboch prístupov pričom chemickej modifikácii predchádza mutovanie vyselektovaných aminokyselín. Výber rezíduí pre mutácie na základe poznatkov o funkcii a štruktúre skúmaných proteínov zladený so správnou voľbou chemickej substitučnej skupiny umožňuje vysoko selektívne menenie vlastnosti proteínov.